1872年创设。最初是文部省博物馆，后发展为国立博物馆。它见证了日本从明治维新以来的现代化进程与文化传承。

主馆（本馆）采用“帝冠样式”，融合了钢筋混凝土结构与传统的日式瓦顶，具有强烈的东方韵味。